Forud for afgørelsen lå imidlertid ét ganske uskønt sagsforløb, med modstridende interesser og politiske kovendinger. Fredningssagen blev oprindeligt forberedt i samarbejde mellem DN og Aarhus Kommune, men efter en utvetydig opbakning, ændrede byrådet pludselig holdning og vendte sig imod fredningsforslaget. Aarhus Kommune frygtede angiveligt, at en fredning ville hæmme muligheden for at agere frit i fremtidens forvaltning af parken, og ønskede i stedet at vedtage en såkaldt bevarende lokalplan. I DN mener vi imidlertid ikke, at en sådan foranstaltning er garanti for en varig beskyttelse, idet den kan ændres af et skiftende politisk flertal. DN fastholdt derfor fredningsforslaget af december 2014 og den overordnede hensigt om en varig sikring af byens største og mest prominente, grønne område, men valgte dog at imødekomme nogle af de væsentligste protester med mindre justeringer af det oprindelige forslag. 

To år senere, i november 2016, afsagde Fredningsnævnet kendelse for Botanisk Have: Haven var fredet! Kendelsen blev siden påklaget til Miljø- og Fødevareklagenævnet af såvel parkens ejer Aarhus Kommune, som af Aarhus Universitet, der ejer og udlejer Væksthusene.  Efter ca. ét års vurdering afgjorde nævnet i november 2017 sagen i DN's og havens favør.